猴群体遗传学平台RhesusBase PopGateway在北京发布

(据北京大学)近日,北京大学分子医学研究所李川昀课题组与张秀琴研究员合作,发布了群体遗传学平台RhesusBase PopGateway,解决了非人灵长类研究中群体遗传学数据匮乏、研究平台不成熟等问题,建立了以猴为视角,从全基因组层面探究人类演化与复杂疾病机制的特色平台。题为“RhesusBase PopGateway: Genome-wide Population Genetics Atlas in Rhesus Macaque”的研究论文在Molecular Biology and Evolution杂志发表。

恒河猴作为人类近缘的模式动物,在基础与转化研究中扮演着重要角色,但其应用存在诸多技术瓶颈。课题组在此前工作中,成功解决了猴功能基因组数据匮乏、基因结构注释不准确等问题(Nucleic Acid Res. 2013, Mol Biol Evol. 2014)。然而,群体遗传学数据匮乏等问题仍在很大程度上限制了这一特色模型的应用。

本文中,作者对24只不同来源的恒河猴进行了全基因组深度测序,并通过整合公共数据,建立了一套包含四千多万个多态性位点的猴群体遗传学图谱,包含每个位点的等位基因频率信息、多态性位点单倍体结构信息以及对多个群体遗传学参数的准确计算。此外。课题组进一步开发了基因页面、基因组浏览器、iPhone APP等多个访问界面,以方便用户对这些基因组大数据的检索与分析。

运用这些数据,该课题组曾成功地解决了RNA编辑的整体功能性问题(PLoS Genet., 2014, Mol Biol Evol. 2015),并提出了基因的de novo起源新机制(PLoS Genet., 2012, 2015)。此次对这些数据的完全公开与平台化展示,将推动以非人灵长类动物为模型的分子演化与群体遗传学研究,加快人们对基因组功能、人类演化等基础科学问题,以及对复杂疾病机制、药物研发等转化医学问题的研究步伐。

北京大学分子医学研究所博士生钟晓明、彭继光和申晴为论文共同第一作者,李川昀研究员为论文通讯作者。本项研究得到国家973项目、国家优秀青年科学基金和国家“万人计划”等经费支持。

RhesusBase PopGateway的iPhone APP界面
RhesusBase PopGateway的iPhone APP界面

原创文章,如若转载,请注明出处。

相关文章

  • 骨折损伤不用再担心,未来有望可以修复

    战争、车祸或是骨密度较低的老年人跌倒造成的骨折,都可能会因损伤程度过于严重而导致骨骼无法完全愈合甚至导致终身残疾。一直以来,人们不断寻找能够治愈骨折的方法。 现在,探索终于有了突破,研究人员们结合超声…

    2017-05-24
  • 中国科学家发展最新单细胞多重组学测序技术

    (据北京大学)2016年2月23日,《细胞研究》(Cell Research)杂志在线发表了北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬研究组、黄岩谊研究组和首都医科大学附属北京世纪坛医院暨北京大学第九临床医学院肝胆…

    2016-02-28
  • 科学家发现蓝鲸和鳍鲸杂交的现象

    最新一项发表在《Conservation Genetics》的研究,通过对北大西洋蓝鲸基因组的测序发现,大约有3.5%的蓝鲸DNA来自鳍鲸。这一结果令科学家感到惊讶,尤其是所有研究中的蓝鲸样本都含有一定比例的鳍鲸DNA,表现出内…

    2024-02-12
  • 肥胖如何加重乳腺癌转移的?

    肥胖可以促使机体释放一些细胞因子到血液中,这些细胞因子能影响乳腺癌细胞的新陈代谢,导致癌细胞更具有侵袭性。海德堡大学医学院、慕尼黑工业大学和黑尔姆霍尔茨的科学家在《细胞代谢》杂志上做了一篇报道。该研…

    2017-10-27
  • 中国生命科学大数据中心建成

    国际三大数据中心(NCBI、EBI、DDBJ)对全球生物数据长期占据着主导地位,北京基因组研究所生命与健康大数据中心(BIG Data Center),作为基因组所的重要研究单元,承担相关公共数据库资源体系的研究与建设,面向…

    2016-12-07
  • 癌症化疗后的病人为什么会掉头发?

    (图片来自网路) 脱发是癌症治疗的常见并发症,大多数的病人常常被这个问题所困扰和担忧。 化疗药物具有主动靶向特性,能杀死快速生长的细胞,如癌细胞。与肿瘤细胞相似,毛囊是一个高活性的组织结构,其内存在着…

    2017-09-10